زندگى علمى آيت‌اللَّه هاشمى شاهرودى تحصيلات ابتدايى و دبيرستان را در مدرسه علوى نجف اشرف گذراند و همزمان دروس علوم دينى را نيز نزد حجة الاسلام والمسلمين شيخ هادى سيستانى مىآموخت ، سپس وارد مدرسه منتدىالنشر شد و به واسطه هوش و استعداد فوق العاده‌اى كه داشت بسيار مورد توجه اساتيد اين مدرسه قرار گرفت . وى پس از طى اين مراحل در سال 1381 ه . ق در چهارده سالگى تصميم گرفت براى فراگيرى علوم اهل بيت عليهم السلام وارد حوزه علميه شود ، هيچ يك از بستگانش با اين تصميم او موافق نبودند جز جدش مرحوم سيدعلىاكبر هاشمى كه در كنار او ايستاد و اين تصميم او را ستود و او را در اين راه تشويق و تشجيع كرد ، دعاى والده‌اش نيز بدرقه راه او در اين انتخاب دشوار شد . حجة الاسلام شيخ محمود بيانى زابلى از قول مرحوم آقا شيخ هادى سيستانى نقل مىكرد كه : « هنگام عمامه‌گزارى سيدمحمود هاشمى به دست آيت‌اللَّه العظمى خويى در مسجد